In questa sezione che racconta il tema della navigazione sono riuniti  i cimeli del Museo con quelli del Civico Museo Navale Didattico del Comune di Milano. Nel padiglione si trovano il brigantino goletta Ebe (1921) e il ponte di comando del transatlantico Conte Biancamano (1925). La prua della nave Stella Polare attraverso la quale vengono raccontate le prime spedizioni al Polo Nord. Alcuni mezzi d'assalto utilizzati durante le guerre mondiali, tra cui il maiale (siluro a lenta corsa). La storia delle grandi battaglie è raccontata dai modelli di velieri, famosi per le loro imprese. C'è inoltre la   collezione di sette polene policrome, oggetti e libri di argomento navale donati dall'editore milanese Ugo Mursia. Appassionato di mare e di libri, a Ugo Mursia si deve anche la traduzione dell'opera omnia di Joseph Conrad, uno dei più grandi scrittori di mare di tutti i tempi. Per Conrad, l'editore Mursia ( Carini 1916 - Milano 1982) aveva una "magnifica ossessione" tanto che finanziò una spedizione per il recupero della prua dell' Otago, il brigantino a palo su cui Conrad fece l'ulitmo comando prima di dedicarsi completamente alla letteratura. La prua dell'Otago è oggi conservata nel museo milanese.
Il sottomarino Toti. Il viaggio di questo sottomarino dal mare a Milano è stato lento, complicato, pieno di insidie ma per fortuna a lieto fine.  Varato nel 1967, in piena Guerra Fredda, il sottomarino Enrico Toti è stato il primo che la cantieristica italiana ha potuto costruire dopo la Seconda guerra mondiale. Dopo trent'anni di servizio nel Mar Mediterraneo -  ha percorso 137.000 miglia - ora, collocato nel piazzale del museo meneghino, è uno dei maggiori punti di interesse per i visitatori, grandi e piccoli, che vogliono provare a calarsi nei panni degli uomini dell'equipaggio. E sono decine di migliaia ogni anno. 

Via S. Vittore 21 -  Milano